Theo Cục Thuế TP Hà Nội, Tổng công ty Licogi đã vi phạm hành chính về thuế GTGT, Công ty kê khai khấu trừ thuế GTGT của hóa đơn mua HHDV của doanh nghiệp bỏ địa chỉ kinh doanh; kê khai chỉ tiêu 39 đối với phần thuế GTGT đã nộp của hoạt động kinh doanh xây dựng cùng tỉnh, thành phố trực thuộc; kê khai thiếu doanh thu phí sử dụng vốn vay, doanh thu chuyển nhượng chứng khoán; không phân bổ thuế GTGT đầu vào được khấu trừ cho doanh thu không chịu thuế; kê khai thuế GTGT mua vào đối với hoạt động chuyển nhượng BĐS...
Về thuế GTGT, Công ty kê khai khấu trừ thuế GTGT của hóa đơn mua hàng hóa dịch vụ của doanh nghiệp bỏ địa chỉ kinh doanh; kê khai chỉ tiêu 39 đối với phần thuế GTGT đã nộp của hoạt động kinh doanh xây dựng cùng tỉnh, thành phố trực thuộc; kê khai thiếu doanh thu phí sử dụng vốn vay, doanh thu chuyển nhượng chứng khoán; không phân bổ thuế GTGT đầu vào được khấu trừ cho doanh thu không chịu thuế; kê khai thuế GTGT mua vào đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản trên tờ khai 02/GTGT.
Công ty chưa thực hiện theo quy định Điều 14, Điều 15, mục 1, Điều 20, mục 2, Chương III, thông tư 219/2013/TT-BTC; điều 4, chương I, thông tư 219/2013/TT-BTC; khoản c, Điểm 1, Điều 11, Thông tư 156/2013/TT-BTC.
Về thuế thu nhập cá nhân, Công ty chưa thực hiện kê khai điều chỉnh tăng thuế thu nhập cá nhân phải nộp năm 2018 theo kiến nghị của Kiểm toán Nhà nước.
Tổng hình phạt bằng tiền là 234,68 triệu đồng. Trong đó, phạt 161,23 triệu đồng do có hành vi kê khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp; phạt 35 triệu đồng do có hành sử dụng hóa đơn không hợp pháp, sử dụng không hợp pháp hóa đơn; phạt 4 triệu đồng do có hành vi lập hóa đơn không đúng thời điểm nhưng không dẫn đến chậm thực hiện nghĩa vụ thuế; phạt 34,45 triệu đồng do có hành vi khai sai, khai không đầy đủ các nội dung trong hồ sơ khai thuế không dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc không dẫn đến tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn.
Thêm nữa, Công ty cũng phải nộp bổ 872,68 triệu đồng. Trong đó, 806,17 triệu đồng là số tiền thuế thu nhập cá nhân năm 2018 còn thiếu; và 66,51 tỷ đồng là tiền chậm nộp tiền thuế thu nhập cá nhân thiếu. Tổng số tiền truy thu và nộp bổ sung là hơn 1,1 tỷ đồng.
Trước đó ngày 30/8, Cục thuế TP Hà Nội ban hành quyết định xử phạt vi phạm hành chính đối với Chi nhánh đầu tư và xây dựng Licogi số 6 - Tổng công ty xây dựng và phát triển hạ tầng.
Theo đó, Chi nhánh Licogi số 6 đã thực hiện các hành vi vi phạm hành chính về thuế GTGT: Công ty kê khai sai các chỉ tiêu trên tờ khai thuế GTGT, kê khai khấu trừ thuế GTGT của hóa đơn mua HHDV của doanh nghiệp bỏ địa chỉ kinh doanh; kê khai thiếu doanh thu tính thuế GTGT. Về thuế TNDN, Công ty hạch toán chi phí mua hóa đơn HHDV của doanh nghiệp bỏ địa chỉ kinh doanh.
Không bị xử phạt vì các vi phạm trên nhưng Cục thuế TP Hà Nội yêu cầu Chi nhánh Licogi số 6 nộp đủ số tiền thuế còn thiếu là hơn 147,7 triệu đồng và tiền chậm nộp tiền thuế thuế vào ngân sách nhà nước, số tiền 129,2 triệu đồng.
Ngoài ra, Cục thuế TP Hà Nội yêu cầu Công ty giảm thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau, số tiền 54,9 triệu đồng và giảm lỗ năm 2013 số tiền 53,3 triệu đồng.
